Transporto institutas įkurtas 1998 m. balandžio 28 d. kaip universitetinis mokslo padalinys.
Institute dirba 7 etatiniai darbuotojai.
Kasmet papildomai iš įvairių katedrų ir fakultetų pagal sutartis dirba 10-20 profesorių ir docentų.
Veikla Tarptautinėse organizacijose
Transporto institutas Europos transporto tyrimų institutų asociacijos (European Conference Transport Research Institute) narys nuo 2005 m. sausio 3 d.
A. Jaržemskis Tarptautinių mokslo ir technologijų plėtros programų agentūros koordinuojamos Europos tyrimu plėtros ir bendradarbiavimo programos Eureka ir Europos bendradarbiavimo mokslinių ir techninių tyrimų srityje programos COST paraiškų bei ataskaitų vertinimo ekspertas (nuo 2006 m.).
A. Jaržemskis ES 7BP komiteto Transporto (įskaitant aeronautiką) pakomitečio ekspertas nuo Lietuvos Respublikos (nuo 2006 m.).
A.Baublys Europos Sąjungos struktūrinės paramos įgyvendinimo Stebėsenos komiteto narys.
Atlikti užsakomieji darbai
1. Geležinkelių transporto Lietuvoje plėtros studija logistikos verslo ir intermodalinių transporto paslaugų strateginių tikslų kontekste.
2. Rekomendacijos ilgalaikės (iki 2030 metų) Lietuvos susisiekimo sistemos plėtros strategijos gairėms parengti.
3. Lietuvos transporto sistemos modernizavimo ir plėtros galimybės taikant viešojo ir privataus sektorių partnerystės (PPP) finansavimo modelį.
4. Geležinkelių transporto sektoriaus reformos teisinis ir ekonominis įvertinimas.
5. Lietuvos logistikos rinkos analizė ir viešųjų logistikos centrų konkurencingumo regione tyrimas.
Transporto instituto 2003-2009 m. rezultatai